Vanaf 1600 veranderd het landschap aanzienlijk door de drooglegging van de grote meren. Een aantal kleinere meren was al drooggelegd aan het eind van de 16e eeuw. Grote droogmakerijen zoals de Schermer, Purmer en de Wijde Wormer beschikten over een groot oppervlak nieuw land. De Beemster is tegenwoordig zelfs opgenomen in de UNESCO-werelderfgoedlijst. Er waren twee belangrijke redenen om de grote meren droog te malen. Ten eerste was er de dreiging dat deze meren aan elkaar groeiden tot één grote binnendijkse zee. Eerder werd daar al actie op ondernomen door dammen te plaatsen bij o.a. Monnickendam en Schardam. Dit bleek echter onvoldoende en de dreiging was nog altijd onverminderd groot. Ten tweede kwam er met de droogmaking beschikking over vruchtbare landbouwgrond. De zeeklei houdt voldoende vocht vast en is erg voedselrijk, goede omstandigheden voor akkerbouw dus. Alle droogmakerijen die tussen 1600 en 1850 zijn drooggemalen hebben dat te danken aan de windwatermolens. Vaak moesten er meerdere molens achter elkaar worden geplaatst, omdat elke molen maar een beperkte ophoogcapaciteit had. Om de hoogte toch te kunnen overbruggen werden er molengangen gecreëerd, bestaande uit meerdere trappen. In de Schermer zijn nog een aantal van deze molengangen intact gebleven. 

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

​

 

Naast de functie als windwatermolen werd de windmolen elders gebruikt voor de industrie. Met name de Zaanstreek kenmerkte zich door een landschap met honderden molens. Steden als Zaandam, Zaandijk en Wormer hadden hier destijds een belangrijk deel van hun inkomen aan te danken. De molens werden gebruikt om een bepaald product te verwerken tot een hoogwaardiger eindproduct. Zo waren er houtzaagmolens, papiermolens, verfmolens en nog veel meer soorten industrie. Het meest uitgesproken voorbeeld van de molens in het huidige landschap is de Zaanse Schans. Hier zijn nog 12 molens te vinden, waarvan de meeste dagelijks in bedrijf zijn.